Заходим в папку менеджера ISPConfig 3

cd //tmp/ispconfig3-nightly/install

и удаляем

php -q uninstall.php 

далее удаляем локальную папку с менеджером

rm -rf /usr/local/ispconfig
 

Далее подключаемся к Mysql

mysql -uroot -p

Enter password, Вводим пароль 

Выбираем базу данных созданную ISPconfig и удаляем ее

use dbispconfig;

drop database dbispconfig;

Теперь можем начать установку заново.

Заходим в папку

cd /tmp/ispconfig3-nightly/install
 

и вводим команду установки

php -q install.php 

Если нужно удалить окончательно то удаляем установочные папки в tmp

rm -rf /tmp/ispconfig3-nightly

rm -rf /tmp/ispconfig.tar.gz
 
rm -rf /usr/local/ispconfig

Если при установке вы забыли записать пароль админа то зайдите в базу данных и введите команду

Как поменять пароль Администратора ISPconfig 

Зайдите в базу данных  

Подключаемся к Mysql

mysql -uroot -p

Enter password, Вводим пароль

Выбираем базу данных созданную ISPconfig  

use dbispconfig;

выполняем SQL команду:

UPDATE sys_user SET passwort = md5('admin') WHERE username = 'admin';

и выходим из MySQ.

quit;

После чего пароль пользователя admin для ISPConfig будет admin. Вот и все манипуляции.